L’abate Desiderio, consapevole che una politica ostile ai nuovi nobili avrebbe minato l’autorità e la vita del monastero, assume il ruolo di mediatore tra Normanni, Papato e imperatori di Germania e di Bisanzio. Da parte normanna c’è un atteggiamento di rispetto nei confronti dell’abbazia cassinese e una serie di donazioni rappresentano il pegno per la politica filonormanna di Desiderio. I rapporti tra Normanni e Chiesa diventano sempre più forti, soprattutto dopo la sconfitta del papa a Civitate. Le conseguenze, d’altra parte, sono evidenti anche nelle strette relazioni esistenti tra le nuove unità amministrative e le diocesi.
Elementi importanti per la storia del Molise in epoca normanna sono le vie di pellegrinaggio che attraversano la regione sia in senso n-s (lungo le antiche vie tratturali, sia in senso w-e lungo le valli fluviali). Nella valle del Trigno viene fondata dai benedettini la chiesa di S.Maria nei pressi di una villa romana mentre alla foce del fiume fino al 1125 esiste il monastero di S. Stefano in rivo maris; nella valle del Biferno la badia di Casalpiano viene costruita in un’area di antiche testimonianze di epoca romana; nella valle del Fortore la chiesa di S.Maria di Melanico è costruita non lontano dei resti di una villa romana. I flussi di traffico sono diretti soprattutto al santuario di Monte S. Angelo sul Gargano, dove la tradizione colloca uno dei primi incontri (1015) tra i Normanni reduci dalla Terrasanta e un gruppo di nobili pugliesi decisi a liberarsi dal dominio bizantino.
I Normanni, con la protezione della Chiesa conquistano buona parte dell’Italia meridionale e nella guerra siciliana contro i musulmani manifestano già i caratteri di un movimento crociato. Uno dei frutti della prima Crociata è la conquista di Antiochia (1098) ad opera di Boemondo, figlio di Roberto il Guiscardo, e la formazione del primo principato crociato in Terrasanta. L’anno successivo, un ruolo importante avrà Tancredi nella conquista di Gerusalemme.

Le grandi abbazie
L'architettura sacra